Quân chủng Phòng không – Không quân được tổ chức thành Bộ tư lệnh Quân chủng, các đơn vị chiến đấu; khối bảo đảm; khối nhà trường và các đơn vị kinh tế. Bộ Tư lệnh quân chủng có Tư lệnh và các Phó Tư lệnh; Chính uỷ và Phó Chính uỷ, các cơ Quyê đảm nhiệm các mặt công tác quân sự; công tác đảng, công tác chính trị; kỹ thuật; hậu cần và các đơn vị trực thuộc. Quân chủng có các sư đoàn không quân, sư đoàn phòng không và một số đơn vị không quân trực thuộc là các đơn vị chiến đấu chủ yếu.[1]

Năm 2006, thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội. Theo đó Đảng bộ trong Quân chủng PK – KQ bao gồm:

• Đảng bộ Quân chủng PK – KQ là cao nhất.
• Đảng bộ các Cục chuyên ngành, Sư đoàn thuộc Quân chủng PK – KQ (tương đương cấp Sư đoàn)
• Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc Cục chuyên ngành, Sư đoàn (tương đương cấp Tiểu đoàn, Trung đoàn)
• Chi bộ các bộ phận thuộc đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội)